Фамилия Чисерин звучит непривычно, и причина в её основе. В отличие от массы фамилий на -ин, образованных от имён (Иван — Иванов, Сидор — Сидоров), здесь работает редкая модель: суффикс -ин присоединён к основе, оканчивающейся на -ер. Такой способ типичен для фамилий, произведённых от названий профессий или прозвищ, заимствованных через польское или украинское посредничество. Скорее всего, в основе лежит слово «чисе(р)» — вариант названия ремесленника, который занимался чисткой, например, чистильщик (ср. польское czyścić — чистить). Фамилия могла означать «сын чистильщика» или «потомок того, кого прозвали Чистер/Чисе(р)».

Версия с «числом» (от слова «число») менее вероятна. Форма «Чисерин» не укладывается в стандартную модель для фамилий от числительных: они обычно оканчиваются на -ов (-ев) или -ский (Пятаков, Семериков). Суффикс -ин в паре с «числ-» дал бы «Числин», а не «Чисерин». Поэтому профессиональная версия выглядит убедительнее, особенно если учесть, что в южнорусских и украинских говорах звук «ч» мог заменять «ц» в заимствованиях, а окончание -ер указывает на деятеля.

Географически фамилия редкая, её очаги стоит искать в регионах, где были сильны польские или малороссийские влияния: Смоленщина, Брянщина, Черниговщина. В старых переписях она почти не встречается, что говорит либо о позднем закреплении в письменных источниках, либо о малочисленности рода. Сословно предки Чисериных, вероятно, относились к ремесленникам или крестьянам, а не к дворянству — фамилия не попала в «Бархатную книгу» и родословные сборники.

Если же допустить, что основа — не профессия, а прозвище Чисера, то его могли дать человеку с въедливым, «чистящим» характером или тому, кто любил во всём наводить порядок. Но в любом случае фамилия стоит особняком среди фамилий на -ин, и её носители могут с полным правом считать своё родовое имя уникальным.