Фамилия Чищеня — редкий пример, где на слух почти не чувствуется суффикса, но на деле словообразовательная модель прозрачна. Основа здесь — «чищ-», от глагола «чистить» или существительного «чистота». А вот окончание «-еня» — это белорусский или западнорусский патронимический суффикс, уменьшительно-ласкательный. В восточнославянской ономастике такие формы на -еня (как Астапеня, Якименя, Михалёня) характерны для территории современной Беларуси, западных областей Украины и юго-запада России. Чищеня — буквально «маленький Чистый» или «сын Чистого», где «Чистый» — прозвище.

Прозвище Чистый в старину давали не столько за опрятность, сколько за честность: «чистый на руку» — неподкупный, не берущий чужого. В словаре древнерусских прозвищ Веселовского упоминается Чистой — крестьянин в Новгородских землях XV века. Но возможна и бытовая версия: предок мог быть тем, кто занимался чисткой — например, чистильщиком рыбы, кожевником, или даже человеком, следившим за чистотой в хозяйстве. Вторая ветвь трактовки — от названия ремесла, что для фамилий с такой основой не редкость.

Спорный момент: не спутать с фамилией от топонима. В Беларуси есть деревня Чищино, Чищевичи — тогда Чищеня могло означать «выходец из Чищ». Но суффикс -еня скорее указывает на отчество, чем на географию. Правдоподобнее версия с прозвищем: фамилия образовалась от личного имени-прозвища Чища (усечённая форма от Чистый) с добавлением патронимического суффикса -еня.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в Брестской, Гродненской и Минской областях. В России — единичные носители, в основном потомки переселенцев с запада. Сословной привязки нет: Чищенями могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. В ревизских сказках XIX века такие фамилии на -еня фиксировались как «прозвания» у однодворцев и государственных крестьян западных губерний.

Известных носителей с этой фамилией в публичном поле нет — это не повод для вывода, а просто факт. Фамилия осталась локальной, не разошлась по столицам.