Фамилия Чишилов — редкая и морфологически прозрачная. Её основа — Чишил, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — «Чишилов», то есть сын или потомок человека по прозвищу Чишил. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Чиши́лов.

Корень слова — «чиш». В русских говорах и диалектах он встречается в нескольких значениях. Самое вероятное: «чиша» или «чищоба» — это расчищенное от леса место под пашню, новина. В таком случае Чишил — прозвище человека, который жил на вырубке, на чищи, или занимался расчисткой леса. Менее распространённая версия связывает корень с тюркским «чиш» (зуб), но для русской фамилии это маловероятно: суффикс -ил в русском языке часто образует прозвища по действию или месту (ср. Косил, Топил).

Географически фамилия Чишилов тяготеет к центральным и северным областям России, где практика подсечно-огневого земледелия и расчистки лесов под пашню была особенно распространена. Встречается она в основном в единичных записях, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от прозвища одного человека, давшего начало небольшому роду в конкретной деревне.

Словообразовательная модель с суффиксом -ил не самая частая, но устойчивая. Она придаёт фамилии оттенок просторечия и указывает на то, что предок был человеком «от земли», с конкретным хозяйственным занятием. Никакой связи с дворянскими родами или известными историческими личностями у Чишиловых нет — это типичная крестьянская или посадская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда прозвища начали закрепляться как наследственные.