Фамилия Чишонков — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее, чем прозрачная этимология. Скорее всего, перед нами «географическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта. В Беларуси и на западе России существует несколько топонимов с основой Чиш-: например, деревня Чиши в Витебской области или Чишково в Псковской. Если предположить, что предок носителя фамилии был выходцем из такого места, то модель образования стандартна: от названия Чиш- (с суффиксом принадлежности -ов) сделали притяжательное прилагательное, а затем добавили уменьшительный суффикс -к-, который в русских фамилиях часто указывает на «малого» или «младшего» члена семьи. Получается цепочка: Чиш (или Чишо) → Чишонок («сын человека из Чишей») → Чишонков («из рода Чишонков»).

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищная основа. В русских говорах слово «чиш» могло означать «чиж» (птицу) или быть искажением от «чище» (сравнительная степень от «чистый»). Однако фамилии от названий птиц обычно оформляются иначе: Чижов, Чижиков. Суффикс -онок- типичен для северо-западных и белорусских земель — там так образовывали фамилии от прозвищ на -онок (например, Козонок, Рыбонок). В таком случае Чишонок — это прямой потомок человека по прозвищу Чиш, а Чишонков — уже «внук» или «из рода Чишонка».

Что касается суффикса -ов, он в этой фамилии вторичен. Первичная форма — Чишонок (с белорусским или псковским окончанием). Когда фамилию записывали в официальные документы, к ней добавили стандартный русский патронимический суффикс -ов, чтобы вписать в общероссийскую модель. Такая двойная суффиксация — верный признак того, что фамилия сложилась не в центральной России, а на западе или северо-западе, где местные формы адаптировали под московские канцелярские стандарты.

Сословных данных по фамилии Чишонков нет, но суффикс -онок- в русских фамилиях встречается в основном у крестьян и мещан, реже — у однодворцев. Дворянские роды так не оформлялись. Поэтому можно с уверенностью сказать: предки Чишонковых — люди из простонародья, скорее всего, крестьяне или ремесленники из западных губерний Российской империи.

Коротко: фамилия Чишонков означает «потомок человека по прозвищу Чишонок», а сам Чишонок, вероятно, был выходцем из деревни Чиши или Чишково.