Фамилия Чисница — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, поэтому она стоит особняком в русском ономастиконе. Скорее всего, перед нами прозвищная фамилия, застывшая в форме существительного женского рода.

Основа фамилии, скорее всего, связана с числом и счётом. Прозвище Чисница могли дать человеку, который имел дело с подсчётами: сборщику податей, переписчику, казначею или просто грамотею, ведущему учёт в крестьянской общине. В говорах слово «чисница» или «численица» могло означать и счётную грамоту, и саму процедуру переписи. Так что предок мог быть «человеком числа» — тем, кто знает грамоту счёта, что было редкостью и ценилось.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах «чисница» — это разновидность растения (например, чистец) или же искажённое «чесница» — место, где растёт чеснок. Однако в качестве личного прозвища такие значения маловероятны: прозвища от названий растений обычно образуются иначе (Чесноков, Репкин). Поэтому версия со счётом выглядит убедительнее.

Сама форма фамилии — Чисница — указывает на то, что она могла закрепиться в документах как прозвище в именительном падеже. Такое характерно для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где фамилии на -а, -я без суффикса принадлежности встречаются чаще, чем на севере. Географически фамилия встречается в основном на западе и юге России, а также в Беларуси, что подтверждает эту догадку.

Фамилия Чисница не имеет отношения к числу в смысле «много» или «мало». Её корень — не в количестве, а в действии: считать, числить. Это фамилия-профессия, но не ремесленная, а скорее административная или канцелярская. В крестьянской среде такой человек был наособицу — он умел то, что умели единицы.