Фамилия Чистаховский звучит так, будто её носитель родом из места, где всё «чисто», но на деле корень здесь не от прилагательного «чистый», а от прозвища или имени Чистах. Модель образования типична для польской и западнорусской шляхты: суффикс -овский (в польском варианте -owski) указывал на принадлежность к родовому гнезду — селу или поместью. В основе лежит имя Чистах, которое могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Честислав (редкого, но известного в древнерусской традиции) или же прозвищем человека, отличавшегося опрятностью, честностью или даже «чистотой» в переносном смысле — без греха и долгов.

Географически фамилия тяготеет к бывшим землям Речи Посполитой: чаще всего встречается в Беларуси, на западе Украины и в восточной Польше. Формант -ский говорит о том, что предок Чистаховского, скорее всего, владел землёй или имел статус, позволявший закрепить за собой название усадьбы. Само село Чистахово (или Чистахи) могло получить имя от первопоселенца Чистаха — нередко такие названия возникали по имени основателя. В русском контексте подобная фамилия могла возникнуть и позже, в XIX веке, когда семинаристы или выходцы из духовного сословия «облагороживали» свои фамилии, добавляя суффикс -ский к бытовому прозвищу, но для Чистаховского это менее вероятно: корень слишком редок для искусственного образования.

Примечательно, что в фамилии нет следов «чистки» или ремесла. В отличие от однокоренных Чистов или Чистяков, где основа явно связана с профессией (чистильщик) или качеством, Чистаховский держится на личном имени. Это ставит её в ряд с фамилиями вроде Мироновский или Даниловский — то есть образованными от канонического имени, но через прозвищную форму. Если искать параллели, то Чистаховский — тот же «сын Чистаха», только с прибавкой территориального суффикса. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии фиксировались в основном среди мелкопоместной шляхты Минской и Гродненской губерний, что подтверждает её «дворянскую» модель, хотя к высшей аристократии род не относился.