Фамилия Чобоару — случай, когда географический и языковой контекст важнее морфологического разбора. Она почти наверняка молдавская или румынская, и её основа — слово cioban (пастух, чабан). Суффикс -aru в румынской ономастике — типичный агентивный показатель, то есть «тот, кто делает что-то». Пара cioban + aru даёт «пастух», причём с оттенком профессионала, а не случайного погонщика. В русском языке аналогом была бы фамилия Пастухов, но с другим суффиксальным рисунком.

В Молдавии и Румынии фамилии на -aru (реже -ar) образуют большую группу: Чобоару, Мунтяну (горец), Барбу (от имени или прозвища). Форма Чобоару — это не переделка на русский лад, а прямое заимствование в написании, которое закрепилось в документах. Встречается она преимущественно у носителей, чьи предки жили в Бессарабии (современная Молдавия и Одесская область Украины) или в румынских жудецах с развитым овцеводством — Яссы, Васлуй, Бакэу.

Иногда можно услышать версию, что фамилия восходит к тюркскому чобан (чабан) через посредничество гагаузов или ногайцев. Это правдоподобно по корню, но не по суффиксу: -ару — балканский романский элемент, а не тюркский. Так что версия с прямым румынским происхождением надёжнее: предок носителя фамилии был не просто пастухом, а, скорее всего, наёмным чабаном, который пас отары в предгорьях Карпат или в Буджакской степи. Сословно это могли быть как свободные крестьяне, так и зависимые люди, но фамилия не даёт точного указания на статус — только на род занятий.