Фамилия Чонахунов — редкая, и её разбор сразу уводит в тюркские языки. Основа здесь — имя или прозвище Чонахун. Первая часть, «чон», в тюркских языках (особенно в киргизском, алтайском, казахском) означает «большой», «великий», «старший». Вторая часть, «хун», — это распространённый в тюркских именах компонент, который восходит к персидскому «хан» (властитель, правитель) в местном произношении. Таким образом, Чонахун — это составное имя со значением «великий хан» или «большой правитель». Такие имена давали как пожелание силы и статуса, а иногда и как прозвище крупному, влиятельному человеку.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования фамилий, которая в XIX–XX веках активно накладывалась на тюркские имена в среде, контактировавшей с имперской администрацией. Чонахунов — буквально «сын Чонахуна» или «принадлежащий роду Чонахуна». Фамилия не могла возникнуть в центральной России: её корни — в Средней Азии, на Алтае или в южно-сибирских регионах, где тюркские имена с компонентом «чон» органичны. Это, скорее всего, фамилия киргизского или алтайского происхождения, реже — казахского.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить ареал. Например, фамилия Чонанов (от имени Чонан — «большой зверь», тотемное имя) встречается у алтайцев и киргизов. Чонахунов отличается именно компонентом «хун», что указывает на более позднюю исламскую или оседлую традицию с персидским влиянием. Встречаются также варианты написания — Чонахунов и Чонахуннов (с удвоенной «н»), но второй вариант — результат канцелярской ошибки или адаптации к русской графике.

Социальный контекст фамилии типичен для тюркских народов, вошедших в состав Российской империи: фамилию фиксировали при переписях, выдаче паспортов или воинском учёте. Носители фамилии Чонахунов — потомки людей, чьи предки носили имя Чонахун, вероятно, из зажиточных или уважаемых семей, раз уж имя подчёркивало величие. Точных данных о сословной принадлежности в открытых источниках нет, но такие фамилии редко встречаются у знати — чаще у крестьян-скотоводов или ремесленников.

Филологически фамилия примечательна тем, что сохранила архаичный тюркский компонент «чон», который в современных языках вытесняется арабскими и персидскими заимствованиями («кабир», «улуг»). Это делает Чонахунов ценным маркером диалектной или племенной традиции, не затронутой унификацией.