Фамилия Чонтян — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но происхождение неочевидно. Скорее всего, это русифицированная форма фамилии, попавшей в русский язык из тюркских или кавказских языков. Основа «чон» в ряде тюркских наречий означает «большой», «великий» или «старший» (ср. чагат. чон — большой). Вторая часть «тян» может быть искажением тюркского «тенг» (равный, подобный) или диалектного варианта слова «тан» (тело, стан). Таким образом, исходное прозвище могло означать «большой телом» или «великий, как равный», то есть указывать на физическую стать или высокое положение.

Модель образования фамилии нестандартна для русской ономастики. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что фамилию не переделывали под русский шаблон, а записали на слух, почти без изменений. Такое часто происходило в XIX — начале XX века при переписях населения в многонациональных регионах Российской империи, особенно в Закавказье, на Северном Кавказе или в Поволжье, где жили тюркоязычные народы. Носитель фамилии, скорее всего, был армянином, азербайджанцем, татарином или представителем одного из горских народов, чью фамилию (или родовое имя) записал русский чиновник.

Версия о молдавском или румынском корне маловероятна: в этих языках нет слова «чон» в таком значении, а сочетание «чонтян» нехарактерно для местной антропонимии. Также не стоит искать славянские корни — основа «чон» в славянских прозвищах не встречается.

Поскольку фамилия крайне редкая, её география узка. Если поискать носителей, они, вероятно, окажутся выходцами из регионов бывшего СССР с тюркским или кавказским населением. Социальный статус предка мог быть разным: от крестьянина до мелкого торговца или ремесленника, но прозвище, ставшее фамилией, явно выделяло его среди окружающих — либо размером, либо положением.