Фамилия Чорнокожа — один из тех редких случаев, когда прямое значение прозвища, от которого она образована, почти полностью совпадает с современным восприятием. В основе лежит украинское или южнорусское слово «чорний» (чёрный) и «кожа» (кожа). Прозвище Чорнокожа или Чернокожа могло указывать на смуглый цвет лица, тёмный оттенок кожи, что в крестьянской среде часто связывали с человеком, много работавшим под солнцем, либо с выходцем из южных регионов или даже с цыганскими корнями. Однако не стоит исключать и метафорический смысл: в диалектах «чёрная кожа» могла означать грубую, заскорузлую кожу рук, то есть прозвище давали мозолистому труженику.

Модель образования фамилии — нестандартная для русского языка. В русской традиции фамилии от прилагательных обычно принимают суффиксы -ов/-ев или -ин (Чернокожев, Чернокожин). Форма Чорнокожа — это застывшее прозвище в именительном падеже, характерное для украинской ономастики и отчасти для белорусской. Такие фамилии (как Непийвода, Криворота) не склоняются и прямо указывают на исходную характеристику человека. Фамилия Чорнокожа почти наверняка имеет украинские корни, где «чорний» — нормативное написание, в отличие от русского «черный». Встречается она преимущественно в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев на Кубани и в Поволжье.

В словарях украинских фамилий (например, у Ю. Редька) форма без суффикса считается архаичной, но устойчивой для прозвищ, описывающих внешность. Поскольку фамилия очень редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей, разошедшихся по региону в XVIII–XIX веках. Писцовые книги могли фиксировать её как «Чернокоженко» или «Чорнокоженко», но в современном виде она сохранила именно исходное прозвище.