Фамилия Чортонова — женская форма мужской фамилии Чортонов. Её основа сразу бросается в глаза: корень «чорт» (старое написание слова «черт»). Это не фамилия святого или героя, а прозвищная фамилия, типичная для русской ономастики XVI–XVII веков. В те времена прозвища, связанные с нечистой силой, не несли мистического ужаса — их давали за характер, внешность или поведение. Чортом (Чертом) могли прозвать человека бойкого, хитрого, упрямого или просто темноволосого и смуглого. В некоторых говорах «чорт» означало также «ловкач» или «озорник».

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность, то есть Чортонов — сын Чорта. Окончание -а в женском варианте Чортонова просто меняет род носителя, но не меняет значения. Фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении, скорее всего, из северных или центральных областей России, где старые прозвища дольше сохранялись в документах.

Есть и другая версия, менее вероятная: основа могла быть искажением имени Черт (от христианского имени Черт, которое в святцах не значится, но бытовало как прозвище от крестильного имени, например, от Чертополох или Чертёнок — прозвище ребёнка). Однако в словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» прямо указывается, что фамилии с корнем «черт» (через «ё» или «о») — это именно прозвища, а не производные от канонических имён.

Социальный контекст: носители фамилии Чортонов вряд ли принадлежали к высшему сословию. Такие прозвищные фамилии чаще встречались у крестьян, посадских людей и мелких служилых. В переписных книгах XVII века можно найти упоминания крестьян с прозвищем Чорт, но массового распространения фамилия не получила. Сегодня Чортонова — редкая фамилия, и её носители, скорее всего, потомки тех, кого когда-то в деревне прозвали за крутой нрав или внешность.