Фамилия Чубса — редкий случай, когда мы имеем дело не с типичной русской моделью на -ов или -ин, а с реликтовой формой, сохранившей древний суффикс принадлежности -с(а). Чтобы понять её происхождение, нужно отвлечься от привычного взгляда на фамилии как на производные от отчества.

В русском языке суффикс -с(а) встречается в основном в северных и сибирских говорах, где он образует краткие притяжательные прилагательные или прозвища. Если отбросить окончание -а, остаётся основа «Чуб». Слово «чуб» в старину означало не только прядь волос, но и хохол у птицы, а также — переносно — бойкого, заметного человека. Таким образом, Чубса — это буквально «(человек) Чуба», то есть сын или потомок человека по прозвищу Чуб.

Географически фамилия привязана к зоне бытования таких моделей: это, скорее всего, Украина, южнорусские области (Курская, Воронежская губернии) или Дон. В украинской ономастике суффикс -са встречается чаще, чем в великорусской, и нередко фиксирует прозвища первого носителя. Например, известны фамилии Грицса (от Грицько), Дениса (от Денис). Чубса могла возникнуть как патроним без перехода в стандартную форму Чубов или Чубин.

Вторая, менее вероятная версия — происхождение от тюркского слова «чуб» (верхушка, макушка) через посредничество казачьих говоров, где фамилии на -са иногда приживались как усечённые формы от отчеств. Но первое объяснение — славянское, с конкретным прозвищным значением — выглядит убедительнее.

Сословно носители фамилии Чубса, судя по архивным данным, относились к крестьянам или казакам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Это народная, бытовая фамилия, которая не прошла через книжную унификацию XIX века, а осталась в живой речи — именно поэтому она так необычно звучит сегодня.