Фамилия Чубученко звучит на украинский лад и с высокой вероятностью сформировалась именно в украинской или южнорусской среде. Её основа — нарицательное «чубуч» или «чубук». В русском и украинском языках чубуком называют полый стержень для курения, на который насаживается трубка, а также черенок виноградной лозы или саму лозу. Кроме того, чубуком могла называться длинная палка, посох, или же деталь конской упряжи. Таким образом, прозвище Чубуч, лёгшее в основу фамилии, могло относиться к курильщику, к виноградарю, к человеку, ходившему с посохом, или же к мастеру, изготавливающему трубки и мундштуки.

Суффикс -енко — типичный украинский патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». В дословном переводе Чубученко — «сын Чубуча» или «маленький Чубуч». Такая модель фамилий была особенно распространена в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в Запорожье в XVI–XVIII веках. Первоначально это было отчество, которое со временем закрепилось как наследственное родовое имя.

Интересно, что фамилия Чубученко не так редка, как может показаться. По данным современных телефонных справочников и баз адресов, её носители компактно проживают в Черкасской, Кировоградской и Днепропетровской областях Украины, а также встречаются в южных регионах России, что подтверждает её украинские корни и связь с казачьими территориями. В отличие от фамилий на -чук или -юк, которые тоже распространены на западе Украины, формант -енко более характерен для центральных и восточных областей.

Слово «чубук» имеет тюркское происхождение (от турецкого çubuk — «прут, палка»), что неудивительно: культура курения трубок и многие ремесленные термины пришли в русские земли через посредничество кочевников и крымских татар. Поэтому прозвище Чубуч могло быть и не прозвищем вовсе, а указанием на род занятий человека, торговавшего или делавшего чубуки. В любом случае, фамилия Чубученко хранит память о конкретном, бытовом и ремесленном укладе жизни предков, а не о дворянских титулах или географических названиях.