Фамилия Чуднаков — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидная история. На первый взгляд корень «чудн-» наталкивает на мысль о прилагательном «чудной», то есть странный, диковинный. Однако в русской ономастике так прямолинейно связывать фамилию и современное значение слова рискованно. Скорее всего, в основе лежит не оценочное прозвище, а древнерусское нецерковное имя Чудна или Чудной. Такие имена, образованные от слова «чудо», давали в семьях, где ребёнок появился на свет после долгих ожиданий или в необычных обстоятельствах — как «чудо». В этом случае фамилия Чуднаков означает «потомок Чудны» и не несёт отрицательного оттенка.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов (в просторечии -аков) присоединился к основе Чуднак. Форма Чуднак — это уже усечённый вариант от Чудной или Чудна, характерный для разговорной речи: так могли называть человека в быту, а потом закрепилось и в фамилии. Встречается также вариант Чуднаков без перехода «о» в «а» под ударением — это зависит от региональных говоров. Интересно, что фамилия не имеет «дворянского» суффикса -ский, что указывает на её происхождение в среде крестьян или посадских людей, где фамилии часто образовывались от личных имён и прозвищ.

Есть и альтернативная версия, которую приводят некоторые исследователи: фамилия могла возникнуть от прозвища Чудак, но с последующим изменением корня под влиянием диалектного произношения. Однако эта гипотеза менее убедительна, так как форма «чуднак» встречается в старых писцовых книгах самостоятельно, без связи с «чудаком». В любом случае, Чуднаковы — это люди, чьи предки получили прозвание по яркой, запоминающейся черте, будь то необычная внешность, судьба или характер.