Фамилия Чухкунова — женская форма фамилии Чухкунов, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем. Основа фамилии — «Чухкун» — звучит необычно для русского уха, и это сразу подсказывает, что корни её, скорее всего, не великорусские, а тюркские или финно-угорские. В пользу тюркского происхождения говорит характерный суффикс «-кун», который в тюркских языках может означать «солнце» или «день» (кюн, гюн, кун), а также входить в состав имён-пожеланий. Например, в татарском, башкирском или чувашском именах «Чух» могло быть частью звукоподражательного прозвища или сокращением от имени типа «Чухрай».

Однако есть и другая, более прозрачная версия: в некоторых говорах русского Севера и Урала слово «чух» или «чуха» означало «чудак», «нелюдимый человек» или «неряха». В таком случае прозвище Чухкун могло быть образовано с помощью экспрессивного суффикса «-ун», который в русском языке часто давал прозвища по характерному действию или черте (например, «крикун», «молчун»). Таким образом, Чухкун — это «тот, кто чухается» (медлит, чешется) или просто «чудаковатый человек». Суффикс «-ов» в мужской форме указывает на принадлежность: «сын Чухкуна».

В пользу русской диалектной версии говорит и география фамилии. По данным открытых баз, носители фамилии Чухкуновы встречаются в основном в Пермском крае и Кировской области — на территории бывшего Вятского края, где пересекались русские, коми-пермяцкие и татарские влияния. Вятские говоры вообще богаты на прозвища с суффиксом «-ун», так что эта версия выглядит более обоснованной, чем прямая тюркская калька.

Что касается женской формы Чухкунова, то она образована по стандартной модели: к основе мужской фамилии на согласный добавляется окончание «-а». Никакой дополнительной этимологической нагрузки она не несёт — это чисто грамматический признак рода. Если предки носительницы фамилии были крестьянами или посадскими людьми (что для Вятки и Прикамья наиболее вероятно), то фамилия закрепилась за ними не раньше XVII–XVIII веков, когда на Руси массово давали фамилии по прозвищам главы семьи. Сословная принадлежность точно не установлена, но дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано.