Фамилия Чухоенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко. Суффикс -енко, характерный для Поднепровья, Левобережья и Слобожанщины, исторически указывал на потомка или малолетнего (буквальное значение: «маленький», «сын такого-то»). В XVII–XVIII веках такие фамилии закрепились у казаков, мещан и крестьян, и Чухоенко — не исключение.

Основа фамилии — прозвище Чухой. В русских и украинских говорах слово «чухой» могло означать человека со стороны, пришлого, нездешнего (сравните с «чужой», «чуждый»). В северных и сибирских диалектах «чуха» — это кличка, иногда с оттенком неодобрения, но в украинской среде прозвище Чухой скорее фиксировало происхождение: предка так прозвали, потому что он переселился из другого места. Встречается и другая версия — от глагола «чухать» (чесать, скрести), но она менее вероятна: прозвище Чуха, от которого пошла бы фамилия Чухин или Чухов, чаще связывали с неопрятностью или торопливостью, а форма на -ой (Чухой) устойчивее объясняется именно значением «чужой».

Географически фамилия Чухоенко тяготеет к современной Сумской, Полтавской и Черниговской областям. В документах XVIII века, например, в реестрах Гадячского полка, встречаются казаки с прозвищем Чухой, но сама фамилия в форме Чухоенко — результат более позднего закрепления, когда сына Чухого стали записывать как Чухоенко. Интересно, что в южнорусских губерниях (Курской, Воронежской) встречается вариант Чухоев — та же основа, но с русским суффиксом -ев, что показывает, как одна и та же модель адаптировалась в разных этнических средах.

С точки зрения словообразования, Чухоенко стоит в ряду фамилий, где прозвищная основа на -ой (Чухой, Лихой, Сухой) получает типичный украинский патронимический суффикс. Это не дворянская фамилия — в родословные книги она не попала, и её носители в XIX веке числились в основном государственными крестьянами или казаками. Сегодня фамилия редкая, но встречается в Украине и в диаспоре, сохраняя память о предке, который когда-то был «чужим» в своей общине.