Фамилия Чухурко — редкий случай, когда прозвище сохранилось почти без изменений, не перейдя в стандартную модель на -ов или -ин. Её основа — слово «чухур» или «чухра», которое в южнорусских и украинских говорах означало нечто взъерошенное, растрёпанное. Чухуркой могли прозвать человека с торчащими волосами, неопрятной шевелюрой или просто неряшливого в одежде. В некоторых диалектах «чухрить» — чесать, драть, теребить, так что прозвище могло относиться к тому, кто постоянно ёрзает или суетится.

Суффикс -ко типичен для украинских и белорусских фамилий, образованных от прозвищ (ср. Шевченко, Ковалько). Он указывает на уменьшительно-ласкательную или просто разговорную форму: Чухурко — буквально «маленький чухур» или «сын Чухура». Такая модель распространена на Левобережной Украине, в Слобожанщине и южных областях России, где украинское влияние смешалось с великорусским. Поэтому географически фамилия Чухурко скорее всего привязана к Черниговщине, Полтавщине или Курской губернии.

Есть и вторая, менее очевидная версия: основа могла восходить к тюркскому «чукур» — яма, ров, низина. В таком случае прозвище Чухур давали человеку, жившему в низине или овраге. Однако для фамилии с суффиксом -ко тюркская основа менее типична: обычно такие прозвища переходили в -ов (Чукуров, Чухраев). Поэтому версия с «растрёпанным» прозвищем выглядит правдоподобнее.

В документах фамилия встречается редко. В XIX веке носители Чухурко фиксировались в основном среди крестьян и казаков Черниговской губернии. Никаких дворянских родов с этой фамилией не известно — она осталась в простонародной среде, где прозвища держались долго и передавались без изменений.

Интересно, что фамилия могла писаться двояко: Чухурко и Чухорко, в зависимости от местного произношения. В некоторых переписях встречается вариант Чухурка — с окончанием -а, характерным для женских прозвищ в украинских говорах, но это уже единичные случаи.