Фамилия Чуксаева — женская форма фамилии Чуксаев. Она образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе мужской фамилии на -ев добавляется окончание -а, указывающее на принадлежность к роду. Чуксаев, в свою очередь, — это отчество или притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?», то есть «сын Чуксая» или «человек из рода Чуксая».

Корень фамилии — личное или прозвищное имя Чуксай. Перед нами не славянское, а, скорее всего, тюркское имя. В тюркских языках, особенно в волго-уральском ареале (татарском, башкирском, чувашском), есть основа «чук» или «чок», которая может означать «много», «обильно» или входить в состав сложных имен со значением «сильный», «здоровый». Вторая часть — «сай» — распространенный тюркский антропонимический элемент, означающий «ручей», «речка», «русло» или «чистый», «благородный». Таким образом, Чуксай могло быть составным именем-пожеланием: «обильный ручей» (в переносном смысле — богатый потомством или достатком) либо «крепкий, как поток».

Фамилия Чуксаева встречается редко и имеет ярко выраженную региональную привязку. Большинство носителей — представители татарского или смешанного тюркско-русского населения, исторически проживающие на территории Поволжья и Приуралья, в частности в Башкортостане и соседних областях. Это типичная фамилия для регионов, где в XVIII–XIX веках активно шёл процесс русификации тюркских имен и прозвищ: местную основу оформляли русским патронимическим суффиксом -ев (а не -ов, потому что основа заканчивалась на мягкий или шипящий звук «й»).

Говорить о дворянском или крестьянском происхождении Чуксаевых сложно из-за малочисленности фамилии. Скорее всего, предки носителей этой фамилии были государственными или ясачными крестьянами нерусского происхождения. Интересная деталь: фамилия сохранила архаичное звучание и не перешла в вариант Чуксаева с твёрдым окончанием, что косвенно указывает на её позднюю фиксацию в документах — уже после того, как письменная традиция закрепила написание через «е».