Фамилия Чунихен — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а прибалтийско-немецкое или еврейское (ашкеназское). В русском языке она выглядит как транслитерация или фонетическая запись фамилии, которая в оригинале могла писаться как Tschunicken, Chunicken или Tsunichin.

Корень фамилии, скорее всего, восходит к немецкому или идишскому слову, связанному с личным именем. В основе может лежать уменьшительная форма от имени «Чуна» (Chune, Tsune) — в немецкой ономастике так иногда передавали еврейское имя «Хаим» или «Ханан». Суффикс «-ен» в немецком языке — типичный патронимический показатель, указывающий на принадлежность («сын такого-то»). Таким образом, Чунихен — это «сын Чуна» или «маленький Чун».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — топонимическая. В Восточной Пруссии (нынешняя Калининградская область и часть Польши) были хутора и деревни с названиями вроде «Чуникен» (Tschunicken). Фамилия могла образоваться от названия места, где жил предок. Переселенцы из этих земель в XIX — начале XX века нередко оседали в центральных губерниях России, Украине и Поволжье.

Русская огласовка «Чунихен» сохранила немецкое окончание «-ен», что встречается у фамилий обрусевших немцев или евреев-ашкеназов (ср. Коген, Шейн). Суффикс «-их» здесь не русский (как в фамилиях типа Седых), а часть исходного корня. Носители фамилии Чунихен в России — это, скорее всего, потомки ремесленников, аптекарей или мелких торговцев, которые влились в русское общество в конце XIX века, сохранив в фамилии память о своём западном корне.