Фамилия Чупеткина — женская форма, а её мужской вариант Чупеткин. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Чупетка. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Чупеткин, то есть сын Чупетки). Такая модель типична для северных и центральных областей России, где -ин так же распространён, как -ов на юге.

Корень «чуп-» в русских говорах имеет несколько значений. В вологодских и архангельских диалектах «чупа» или «чупка» — это чуб, хохол, вихор. Соответственно, Чупетка — человек с торчащим чубом, с непослушными волосами. Такие прозвища по внешнему признаку давали часто и охотно, они хорошо запоминались. Вторая версия, менее вероятная, связывает корень с глаголом «чупать» (щупать, хватать), но в этом случае мы бы ждали форму Чупалкин или Чупаев, а не Чупеткин.

Суффикс -етк- в прозвище Чупетка — уменьшительно-ласкательный, как в словах «топор — топорок — топоретко». Это значит, что прозвище звучало негрубо: не «Чуп», а «Чупетка» — маленький чубатый, чубатенький. Вероятно, так в семье или в деревне называли ребёнка или молодого парня с заметным вихром.

Фамилия редкая, не дворянская и не купеческая. Скорее всего, предки Чупеткиных — крестьяне или ремесленники из северных губерний (Вологодская, Архангельская, Вятская). В метрических книгах XIX века носители фамилии встречаются единично, что подтверждает её местный, очаговый характер. В современной России фамилия Чупеткина сохранилась в основном на Урале и в Западной Сибири — туда переселенцы из Русского Севера уходили в XIX–XX веках.

Других версий происхождения, например от тюркских корней или от названия профессии, нет — это чисто русская, диалектная фамилия, образованная от прозвища по внешности.