Фамилия Чушкинавар — редкий случай, когда основа прозрачна, а механизм её превращения в фамилию ставит в тупик. Первое, что бросается в глаза, — это финаль «-вар». В русской ономастике она нехарактерна: типичные фамильные суффиксы — «-ов», «-ин», «-ский». «-Вар» же отсылает к тюркским языкам, где этот элемент означает «есть», «имеющий», или к индоиранским, где он связан с понятием «дар», «обладатель». В сочетании с основой «чушка» (диалектное название свиньи, поросёнка, а в переносном смысле — неряшливого или недалёкого человека) образуется конструкция «свинья имеющий» или «свинодар». Это не похоже на случайное прозвище — скорее на прозвание, закреплённое за человеком, возможно, занимавшимся разведением свиней или жившим в местности, где это слово имело иное, неоскорбительное значение.

Самый вероятный путь возникновения фамилии — через тюркское посредничество. В татарском, башкирском, чувашском языках «чушка» или «чучка» — это свинья, а «-вар» — распространённый компонент в именах и прозвищах (сравните с «Акбулат» — «белая сталь»). Фамилия могла появиться в среде крещёных татар или в районах смешанного русско-тюркского населения, например, в Поволжье или на Южном Урале. Альтернативная, но менее убедительная версия — искусственное происхождение: в XIX веке некоторые семинаристы получали фамилии от наставников «на глаз», и «Чушкинавар» могла быть шуточной калькой с греческого или латыни, где «вар» ошибочно приняли за суффикс.

В любом случае, фамилия Чушкинавар не имеет отношения к дворянским родам или известным историческим личностям. Это яркий пример народной этимологии на стыке культур, где прозвище, данное по занятию или внешности, «приросло» к роду и закрепилось в нестандартной для русского уха форме. Носители такой фамилии — потомки, скорее всего, крестьян или мещан, живших в зоне контакта славянских и тюркских народов.