Фамилия Чужиня — редкий случай, когда прозвище не «прилипло» к человеку, а сразу стало фамилией в почти неизменной форме. Суффикс -ня в русских фамилиях встречается нечасто и обычно указывает на украинское или белорусское происхождение (ср. Шаповаленя, Кравченя). В данном случае он выполняет ту же роль, что и более привычные -ов или -ин: превращает прозвище в родовое имя. Основа — «чужой», «чужина» (в диалектах — «чужая земля», «чужбина» или «не местный человек»). Так что Чужиня — это буквально «чужак», «пришлый».

Скорее всего, фамилию дали не коренному жителю, а переселенцу. В XVI–XVII веках, когда на южных и восточных окраинах Русского государства активно осваивали новые земли, «чужинями» называли беглых крестьян, казаков или выходцев из других княжеств, осевших на новом месте. Прозвище могло закрепиться за целым родом, который так и вошёл в местные писцовые книги как «Чужинины дети» или просто «Чужиня». Позже, при унификации фамилий, окончание -ня сохранилось — в отличие от более частых вариантов вроде Чужин или Чужов, которые образовывались через стандартные суффиксы.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям: её можно встретить в Брянской, Смоленской областях, на Черниговщине. В центральной России она редка, что подтверждает гипотезу о диалектном происхождении. В некоторых говорах «чужиня» означала не только человека, но и «отчуждённый участок земли» или «пустошь», — тогда фамилия могла возникнуть у хозяина такой земли.

Спорных версий немного. Соблазнительно связать Чужиню с польским cudzoziemiec («иностранец»), но это слишком книжное слово: в быту поляки и белорусы чаще использовали «чужаземец» или «чужинец». Скорее всего, корень общеславянский, без заимствований. Других значений у основы нет — фамилия прозрачна и не таит загадок.

Известных носителей с такой фамилией нет ни в дореволюционных справочниках, ни в советских энциклопедиях. Это не значит, что фамилия «незнаменитая»: просто её носители — крестьянские или мещанские роды, которые не попали в официальные списки дворянства или купечества. Зато у фамилии есть родственники: Чужин, Чужов, Чужеземцев — все они образованы от того же корня, но с разными суффиксами. Чужиня стоит особняком: она короче, диалектнее и говорит о прозвище, которое не переделали под общий стандарт.