Фамилия Чынгараев — редкая, и её происхождение напрямую связано с тюркскими языками, скорее всего, с южно-сибирским или среднеазиатским регионом. Основа фамилии — личное имя или прозвище Чынгарай. Оно состоит из двух частей: «чын» (в тюркских языках — истина, правда, верность) и «гарай» (вариант имени Гарай, Гирей — сильный, могущественный, достойный). Таким образом, Чынгарай можно перевести как «верный (истинный) правитель» или «правдивый силач». Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий по отчеству: Чынгараев буквально означает «сын Чынгарая».

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими народами, исторически жившими на Алтае, в Хакасии или Туве. В этих культурах имя Чынгарай могло быть как почетным прозвищем для уважаемого старейшины или воина, так и обережным именем, которым нарекали ребенка, желая ему честной и сильной судьбы. Фамилия могла закрепиться за родом, который в XIX–XX веках переселился в русскоязычную среду, где и получил стандартное оформление с окончанием -ев.

Встречаются редкие случаи, когда основа «чын» может восходить к киргизскому или казахскому «шын» (правда, истина) с диалектным произношением. Однако написание через «ы» (Чынгараев) характерно именно для алтайской или хакасской традиции, где звук «ы» более твердый и распространенный. Версия о связи с монгольским «чин» (искренний) тоже возможна, но менее вероятна из-за характерного суффикса -гарай, который типичен именно для тюркских именных основ.

Сословно фамилия не привязана к дворянству или духовенству. Скорее всего, первые носители были крестьянами или скотоводами, а фамилию получили при переписях населения в XIX веке. Сегодня Чынгараевы встречаются в основном в Сибири, на Урале и в некоторых регионах Казахстана, что подтверждает её ареальное происхождение. Ономастика относит эту фамилию к числу тех, что образованы от сложных тюркских антропонимов, где каждая часть имени несла смысловую нагрузку, а не просто украшала звучание.