Фамилия Дегнера — редкая и неочевидная для русского уха. Её происхождение не связано с русским именем или ремеслом, а корнями уходит в немецкую языковую среду. Это фамилия, которая попала в Россию вместе с волнами переселенцев, чаще всего приглашённых специалистов или колонистов.

Основа фамилии — немецкое слово или прозвище. Наиболее вероятная версия: от нижненемецкого Degener (или Degen), что означает «меч» или «шпага». В таком случае прозвище Degener мог получить военный, солдат, либо человек, изготавливавший или носивший клинковое оружие. Суффикс «-ер» в немецких фамилиях часто указывает на профессию или деятеля (ср. Bäcker — пекарь, Müller — мельник). Таким образом, Degener — это «оружейник» или «меченосец».

Форма «Дегнера» — это русифицированный родительный или именительный падеж женского варианта (типа «жена Дегнера»), либо адаптация фамилии, которая в оригинале могла звучать как Degener. В русской среде фамилии на «-а» нередко закреплялись за женщинами, но в данном случае, скорее всего, мы имеем дело с фамилией, которая уже в России приобрела окончание «-а» для удобства склонения (как у фамилий Шиллера, Гёте — в бытовом употреблении). Мужской вариант — Дегнер.

С географической точки зрения фамилия встречается в регионах, где исторически селились немецкие колонисты: Поволжье, юг Украины, Санкт-Петербургская губерния. Встречается она и у потомков обрусевших немцев, поэтому носитель может и не знать о немецких корнях.

Другие, менее вероятные версии связывают фамилию с топонимом Deggen (местность в Баварии) или с личным именем Degenhard. Однако первая версия — профессиональная — остаётся главной: предок носителя фамилии Дегнера имел дело с оружием, вероятно, был военным или мастером-оружейником.