Фамилия Денишкина образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от мужского имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — Денишкин сын, Денишкина дочь). Основа здесь — имя Денишка, уменьшительная форма канонического крестильного имени Денис. В просторечии суффикс -к- придавал имени ласкательный или обиходный оттенок, так что Денишкой в семье могли называть и ребёнка, и взрослого мужчину.

Сам Денис — это народная русская форма греческого имени Дионисий, в честь бога виноделия и веселья Диониса. В христианской традиции имя связано с Дионисием Ареопагитом, афинским мыслителем и святым, поэтому на Руси оно было распространено во всех сословиях. Уменьшительный вариант Денишка фиксируется в письменных источниках ещё в XV–XVI веках, что делает фамилию Денишкин/Денишкина довольно древней по происхождению.

Интересная деталь: суффикс -к- в основе фамилии нередко встречается в севернорусских и среднерусских говорах, где подобные формы имён были особенно употребительны. Поэтому географически фамилия Денишкина могла возникнуть в регионах к северу от Москвы — в Ярославской, Вологодской, Костромской губерниях. В южных и западных областях чаще использовали другие уменьшительные варианты: Денисов, Денисенко, Денисюк.

По социальному происхождению фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и посадским людям — в среде духовенства и дворянства обычно предпочитали полные формы имени, без уменьшительных суффиксов. То есть предок носительницы фамилии Денишкина был, скорее всего, простым человеком, которого в быту звали не иначе как Денишка. Фамилия не редкая, но и не массовая: её носители встречаются в основном в центральной России и Поволжье.