Основой фамилии Диагенова послужило имя Диоген. Фамилия Диагенова образована от древнегреческого имени Диоген, которое в дословном переводе означает «из рода Зевса» («Дио» – «Зевс, бог», а «ген» – «род, сын»), то есть «имеющий божественное происхождение. Чередование звуков о/а могло произойти под влиянием «акающих» говоров. Среди знаменитых носителей имени Диоген — Диоген Синопский (ок. э.), древнегреческий философ, ученик Антисфена, основателя школы киников; Диоген Аполлонийский (499/98 до н. э), греческий философ; Диоген Лаэртский — позднеантичный историк философии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Диоген, со временем получил фамилию Диагенова.