Фамилия Дхаритонов — редкий случай, когда написание расходится с произношением и затемняет происхождение. На слух она почти неотличима от известной фамилии Харитонов, и это не случайно: перед нами, скорее всего, её фонетический или орфографический вариант. Корень здесь — каноническое крестильное имя Харитон (от греческого «харис» — милость, благодать). Фамилия Харитонов образована по стандартной модели: имя + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Харитона»). В случае Дхаритонов начальное «Д» — либо результат диалектного произношения (придыхание или твёрдая атака звука, которая на письме передалась буквой), либо ошибка писаря при записи фамилии в документы. Подобные «наросшие» согласные встречаются в русской ономастике: например, фамилия Дворников могла писаться через «Д» от слова «дворник», но в отдельных говорах звучала как «Ворников», и наоборот.

Вероятность того, что Дхаритонов — самостоятельная фамилия от другого корня, крайне мала. В древнерусских именах и прозвищах нет основы «дхар» (санскритское «дхарма» к русским фамилиям отношения не имеет). Если бы фамилия происходила от тюркского или кавказского имени, суффикс был бы, скорее всего, другим (-ев, -ин или вообще без суффикса). Таким образом, логичнее всего считать Дхаритонов графическим дублетом Харитонова.

Носители фамилии Дхаритонов могли быть потомками человека по имени Харитон, но их предки жили в местности, где говор имел особенности произношения, либо столкнулись с неграмотным писарем, который записал фамилию на слух. Географически такие варианты встречаются в северных и центральных регионах России, где «д» могло появляться перед гласным как протетический звук. В остальном социальная история та же, что у Харитоновых: среди них были крестьяне, мещане, духовенство — фамилия не указывает на конкретное сословие, так как образована от распространённого крестильного имени.