Фамилия Дндуховы — редкий случай для русского ономастикона. Первое, что бросается в глаза, — необычное скопление согласных в начале: «Днд». В русском языке такое сочетание почти не встречается в исконных словах, что сразу наводит на мысль о заимствованной основе или искусственном происхождении.

Скорее всего, в основе фамилии лежит тюркское или кавказское личное имя или прозвище. Например, в осетинском и тюркских языках есть корень «дон» или «дун», связанный с водой, рекой (ср. осетинское «дон» — вода, река). Однако форма «Дндух» неочевидна: возможно, это искажённое при переносе в русскую письменность имя «Дондух» или «Дандух». В кавказских языках встречаются имена с компонентом «дух» (например, чеченское «Духа» — дух, дыхание), а приставка «дн-» могла возникнуть из-за редукции гласного: «Дондух» → «Дндух».

Суффикс «-ов» указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от отчества или прозвища: Дндух → сын Дндуха → Дндухов. Поскольку фамилия заканчивается на «-овы», она стоит во множественном числе, что характерно для обозначения целого рода.

Географически фамилия Дндуховы, вероятно, имеет северокавказские или поволжские корни — регионы, где русские фамилии нередко возникали на основе местных имён. Встречается она крайне редко, что говорит о небольшом роде или даже единичном случае фиксации.

Таким образом, Дндуховы — это, скорее всего, потомки человека по прозвищу или имени Дндух (возможно, из осетинской, чеченской или тюркской среды), чья фамилия была русифицирована при помощи суффикса «-ов». Точное значение исходного слова сегодня восстановить трудно из-за сильного фонетического сжатия, но связь с водой или духом — наиболее вероятные версии.