Фамилия Дуберштейн (встречается также написание Duberstein) — это один из вариантов немецкой фамилии Доберштейн (Dobberstein). Разбирать её стоит не с корня, а с модели образования, поскольку это типичная немецкая фамилия-прозвище, сложенная из двух основ. Первая часть восходит к слову Topel (игральная кость), вторая — к Stein (камень, куб). Вместе они дают значение «куб для игральных костей».

Такое прозвище могло закрепиться за человеком по роду занятий: скорее всего, предок носителя фамилии либо изготавливал игральные кости, либо был заядлым игроком и мастером этой игры. В немецкой ономастике подобные составные прозвища, описывающие ремесло или характерное занятие, не редкость. Вариантность написания (Дуберштейн вместо Доберштейн) объясняется либо диалектными особенностями произношения, либо адаптацией при переходе в другую языковую среду.

Среди известных носителей — советский кинорежиссёр Борис Самойлович Дуберштейн, что подтверждает бытование фамилии в русскоязычной среде. Географически фамилия встречается нечасто, что делает её редкой и указывает на локальное происхождение от конкретного прозвища в немецкоязычных землях.