Фамилия Дуднеченко — характерный пример украинской модели образования фамилий на -енко. В восточнославянской ономастике суффикс -енко (с ударением на последнем или предпоследнем слоге) исторически выполнял функцию отчества или указания на принадлежность к роду: Дуднеченко буквально означает «сын Дуднека» или «потомок Дуднека». Сама основа Дуднек, в свою очередь, образована от прозвища или имени Дудна, Дудень, а те восходят к слову «дудка» — духовой музыкальный инструмент.

Корень «дуд-» в славянских прозвищах многозначен. Чаще всего он указывал на человека, который играл на дудке (свирели) — музыканта-пастуха или скомороха. В некоторых говорах «дудой» называли болтливого, пустого человека, а также того, кто постоянно «дудит» одно и то же. Встречается и топонимическая версия: прозвище могли дать по названию населённого пункта вроде Дудно или Дудники — такие названия есть на территории современной Украины и Беларуси.

Фамилия Дуднеченко не принадлежит к числу древних аристократических — она возникла в среде крестьян и казаков, где отчества на -енко были основной формой родового имени. Географически фамилия сконцентрирована в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской, а также в прилегающих районах России, куда переселялись украинцы.

Словообразовательная цепочка выглядит так: дудка → Дудна (прозвище) → Дуднек (уменьшительная форма с суффиксом -ек) → Дуднеченко («сын Дуднека»). От того же корня пошли фамилии Дудник, Дудченко, Дудкин — но каждая со своей суффиксальной историей. Если Дудник — это человек, связанный с дудкой по профессии, то Дуднеченко подчёркивает именно родственную связь: предок носителя фамилии был чьим-то сыном Дуднека.

В документах фамилия встречается с XVIII века, в реестрах Запорожского войска и метрических книгах южных губерний Российской империи. Вариантов написания немного: в основном Дуднеченко, реже — Дудниченко (с изменением гласной под влиянием аканья или диалектов).