Фамилия Дудукчан звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Перед нами яркий пример фамилии, пришедшей с Кавказа или из Закавказья, скорее всего, из армянской или тюркской среды. Основа «дудук» отсылает к названию знаменитого духового музыкального инструмента — дудука. В армянском языке «дудук» означает «абрикосовое дерево» (из него и делают инструмент), а сам музыкант, играющий на дудуке, называется «дудукист» или, в просторечии, «дудукчан».

Суффикс «-чан» — типичный для армянских фамилий, указывающий на принадлежность к роду или профессии (сравните с фамилиями типа Арутюнян, Даниелян). Таким образом, Дудукчан — это фамилия-прозвище, образованная по модели «человек, связанный с дудуком». Первым носителем, скорее всего, был музыкант, мастер по изготовлению дудуков или просто человек, получивший такое прозвище за любовь к этому инструменту.

В русском языке фамилия сохранила свою иноязычную огласовку, не получив типичных славянских суффиксов (-ов, -ин). Это говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии в документах, когда она уже пришла в готовом виде. Встречается она преимущественно среди армянской диаспоры, а также в регионах, где исторически сильно армянское влияние — в Краснодарском крае, Ростовской области, в Москве и Санкт-Петербурге.

Других версий у фамилии практически нет. Связывать «дудук» с русским «дудеть» или «дудка» было бы натяжкой, хотя смысловая параллель очевидна: и там, и там духовой инструмент. Но корень именно заимствованный, и фамилия однозначно указывает на музыкальные корни предка.