Фамилия Дуфлот редкая, и её происхождение неоднозначно. В русском языке у неё нет прозрачной славянской основы, поэтому искать корни стоит в западноевропейских языках. Наиболее вероятная версия связывает её с немецким глаголом duften — «благоухать». Если это так, прозвище Дуфлот мог получить торговец парфюмерией, аптекарь или садовник, выращивавший цветы и душистые травы. Такое занятие в средневековых городах было заметным и давало повод для прозвища, которое позже закрепилось как фамилия.

Вторая версия отсылает к староанглийскому слову dūfe — «голубь». Здесь возможны два варианта: либо прозвище дали спокойному, кроткому человеку (по аналогии с голубиным нравом), либо хозяину голубятни. Голуби в Средние века ценились не только как почтовые птицы, но и как источник мяса, так что владение голубятней было делом практичным и заметным.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с украинским глаголом «дуфати» (верить, надеяться). В этом случае Дуфлотом могли прозвать самонадеянного, чересчур уверенного в себе человека. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -от не характерен для украинских фамилий, образованных от глаголов, а сама фамилия Дуфлот почти не встречается в украинских исторических документах.

Сама модель фамилии — без типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский) — указывает на её иноязычное происхождение. Скорее всего, она попала в Россию вместе с носителями-иностранцами (немцами, голландцами или англичанами) и со временем обрусела, сохранив исходное звучание. Встретить её можно в западных и северо-западных регионах бывшей Российской империи, где было много немецких колонистов и европейских переселенцев.