Фамилия Духота — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные суффиксы -ов или -ин. В основе лежит слово «духота»: душный, спертый воздух, знойная погода. Такое прозвище могли дать по двум причинам. Первая — бытовая: человек родился в жаркий летний день, и это событие закрепилось за ним как память. Вторая — характерологическая: прозвище могло отражать тяжелый, «душный» нрав или медлительность.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна. В русской ономастике фамилии, образованные от абстрактных существительных без добавочных суффиксов, встречаются редко (сравните: Зима, Буря, Гроза). Обычно прозвище обрастало патронимическим окончанием, но здесь форма осталась «чистой» — как есть. Это говорит о том, что прозвище закрепилось в устной речи и было записано в документах без изменений, возможно, в северных или сибирских говорах, где такие «голые» фамилии встречаются чаще.

В словарях фамилия не фиксируется как широко распространенная. Встречается спорадически, преимущественно в центральных и южных регионах России. Версия о «знойном» происхождении — основная, но не единственная. В диалектах «духота» могло означать не только погоду, но и тяжелое дыхание, одышку — тогда прозвище могло достаться человеку с заметной физической особенностью.

Однокоренных фамилий в русском языке немного: Душный, Духов, Духин — но все они образованы от других основ (дух, духовный). Духота стоит особняком: здесь нет ни религиозного подтекста, ни связи с запахами — только метеорологическое или бытовое наблюдение.