Фамилия Духовчунко — редкий пример фамилии, где основа и суффикс вступают в противоречие. На первый взгляд, корень «дух-» отсылает к духовному сану или к понятиям «душа», «дух». Но суффикс «-унко» в украинской ономастике указывает на носителя действия или признака, часто с оттенком пренебрежения или иронии. Так, от глагола «дуть» образуется «духун» — тот, кто дует, ветреник, или, в переносном смысле, хвастун. «Духовчунко» — это не «маленький духовный», а скорее «сын или потомок Духуна», где «Духун» могло быть прозвищем болтливого, несерьёзного человека, «пустодуя». Более того, в некоторых говорах «дух» означало «запах», и прозвище могли дать тому, кто работал с пахучими веществами, например, кожевнику или красильщику.

Суффикс «-унко» характерен для восточноукраинских и южнорусских говоров, он менее распространён, чем стандартное «-енко». Это сразу сужает географию фамилии: скорее всего, она возникла в Слобожанщине (Харьковская, Сумская области) или в казачьих областях Дона и Кубани, где украинское влияние было сильным. Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её позднем закреплении и локальном характере.

Версия о происхождении от слова «духовный» (священник) маловероятна. Суффикс «-унко» не свойственен фамилиям духовенства — те обычно образовывались от названий церковных праздников или имён святых (Рождественский, Успенский). Если бы предок был священником, фамилия звучала бы как Духовский или Духовенко. «Духовчунко» же — прозвищная фамилия, указывающая на характер или занятие предка, и её носители, скорее всего, относились к казачьему или крестьянскому сословию, а не к духовному.