Фамилия Духовенский — это классический пример фамилии, образованной не от личного имени или прозвища, а от названия места или социальной группы. Её основа — слово «духовный» или, точнее, «духовенство». Суффикс -ский указывает на принадлежность к чему-либо или происхождение откуда-либо, что характерно для польской и западнорусской традиции фамилообразования.

Вероятнее всего, фамилия имеет две основные версии происхождения. Первая — топонимическая. Духовенский мог получить своё прозвище или фамилию по названию населённого пункта: на карте бывшей Речи Посполитой и Российской империи встречались села и хутора с названиями вроде Духово, Духовка или Духовенское. В таком случае предок носителя фамилии был либо помещиком, владевшим этим местом, либо его уроженцем — крестьянином или мещанином, переселившимся в другое место. Вторая версия — сословная: фамилию могли дать в семинарии или духовном училище сыну священника, которого записывали как «Духовенский», то есть «принадлежащий к духовному званию». В XIX веке в среде православного духовенства было принято изменять фамилии на более благозвучные, часто с окончанием -ский, и эта фамилия хорошо вписывается в тот ряд (ср. Воскресенский, Рождественский, Успенский).

Географически фамилия тяготеет к западным и юго-западным губерниям Российской империи — современным Беларуси, Украине и западным областям России. Там суффикс -ский особенно распространён, и там же чаще встречались села с корнем «дух-». В центральной России и на севере её носители — скорее всего, потомки выходцев из этих регионов.

Важная деталь: в отличие от фамилий вроде Духов или Духовников, которые напрямую отсылают к занятию («духовник»), Духовенский — это фамилия более абстрактная, указывающая либо на коллективную принадлежность (к сословию), либо на географическое имя. Спорных версий здесь нет: обе рабочие, но топонимическая кажется чуть более вероятной для крестьянской среды, а семинарская — для потомков священнослужителей. Решить, какая из них верна для конкретного рода, можно только по архивным записям о месте жительства предков.