Фамилия Дуноюс восходит к литовскому названию реки Дунай – Dunojus. Очевидно, эта фамилия свидетельствует о том, что основатель рода Дуноюс был выходцем с берегов этой реки. Этимология названия Дунай, по одной из версий, означает «быстрая вода» и связана с кельтскими словами danu (быстрый) и vius (вода). По другой версии название восходит к древнеиранским словам «да», «до», «ду» - «река, проток».