Фамилия Дуняхина — женская форма, а мужская, Дуняхин, образована по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность. Этот суффикс в русских фамилиях чаще всего означает «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Значит, в основе лежит личное имя или прозвище Дуняха.

Здесь сразу возникает вопрос: что за имя Дуняха? Это не каноническое церковное имя, а народная, разговорная форма. Чаще всего её связывают с именем Евдокия (в просторечии — Дуня, Дуняша, Дуняха). Евдокия в переводе с греческого — «благоволение», «добрая слава». Имя было очень распространено в крестьянской среде, особенно в XVIII–XIX веках. Соответственно, Дуняхой могли называть женщину по имени Евдокия, а её сына или мужа — Дуняхиным. Фамилия фиксирует патроним (отчество), перешедшее в наследственное прозвание: «сын Дуняхи».

Есть и вторая версия, менее популярная, но лингвистически возможная. В русских говорах слово «дуня» могло означать «кормилица» или «нянька» (от глагола «дуть» — в смысле «пестовать», «лелеять»). В этом случае Дуняха — прозвище человека, который нянчился с детьми, был заботливым. Однако эта версия уступает первой: антропонимический словарь (например, работы Б. Унбегауна) показывает, что подавляющее большинство фамилий на -ихин/-ахин образовано от уменьшительных форм крестильных имён, а не от нарицательных слов.

Фамилия редкая. Её географическое распространение невелико, но встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России — там, где имя Евдокия было особенно популярно. В написании возможны варианты: Дуняхина/Дуняхин, а также, под влиянием местного произношения, Доняхина (с заменой «у» на «о»), но это уже другая ветвь.

Однокоренные фамилии — Дуняев, Дуняшин, Дуняков — все восходят к тому же корню «Дун-», но через разные суффиксы. Дуняхина стоит в ряду тех, что сохранили самый конкретный, личный оттенок: она буквально говорит «сын той самой Дуняхи».