Фамилия Дыгерн (встречается также написание Dyckern) имеет западноевропейские корни и образована от прозвища. В основе лежит датское слово dijk или германское dīk, что означает «плотина» или «дамба». Прозвище, скорее всего, давали человеку, чей дом или участок находился рядом с плотиной — это была простая и понятная привязка к месту жительства, типичная для средневековой Европы.

С точки зрения словообразования, фамилия Дыгерн не вписывается в привычные русские модели на -ов, -ин или -ский. Она принадлежит к числу фамилий немецкого или скандинавского происхождения, которые сохранили исходную форму без адаптации под славянские суффиксы. В России такие фамилии чаще всего встречались среди потомков обрусевших немцев или выходцев из Прибалтики, где немецкое и датское влияние было сильным.

Географически фамилия могла закрепиться в тех регионах, где строительство плотин было частью хозяйственного уклада — в первую очередь, на побережье Северного и Балтийского морей, в Голландии, Северной Германии и Дании. В Российской империи носители фамилии Дыгерн могли появиться вместе с колонистами, которых приглашали для осушения болот и строительства гидротехнических сооружений.

Других версий происхождения, например, от личного имени или названия профессии, нет — все имеющиеся данные указывают на топографическое прозвище. Фамилия редкая, в современных справочниках русских фамилий не упоминается, что подтверждает её нерусское происхождение и узкую региональную привязку.