Фамилия Дыгынгондоновский — редкий случай в русской ономастике, где не славянская основа соединилась с польско-шляхетским суффиксом. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать её на части. Основа «Дыгынгондон» — почти наверняка не русская и не тюркская. Скорее всего, это сложное имя или прозвище, состоящее из двух корней. Первый, «дыгын», может восходить к тюркскому «тыгын» (пробка, затор, а в переносном смысле — упрямый, крепкий человек) или к монгольскому «дэгэн» (высокий, старший). Второй, «гондон», — более тёмный элемент. В некоторых сибирских языках (например, в эвенкийском) встречается «гондон» в значении «путь, дорога» или «след». Таким образом, исходное прозвище могло означать «крепкий следопыт» или «старший в пути».

Суффикс «-овский» — типичный для фамилий польской и западнорусской шляхты (сравните: Ковалевский, Загурский). Он указывает на принадлежность к месту или роду. В Российской империи фамилии с таким окончанием часто давали выходцам из Речи Посполитой или тем, кто получил дворянство по выслуге. Вряд ли Дыгынгондоновский — исконно русская фамилия. Географически её стоит искать на стыке Сибири и Дальнего Востока, где русские переселенцы сталкивались с коренными народами. Возможно, предок носителя фамилии был казаком или служилым человеком, который получил прозвище от местных жителей, а затем, перейдя на государственную службу, оформил фамилию по польскому образцу — для солидности.

Другая версия, менее вероятная, но возможная: «Дыгынгондон» — это искажённая запись фамилии бурятского или эвенкийского князька. В документах XVII–XVIII веков писцы часто коверкали нерусские имена, добавляя к ним славянские окончания. Тогда «-овский» появился уже в канцелярии, когда потомка этого князька записывали в сословие «служилых инородцев». В любом случае, фамилия уникальна: она не встречается в массовых списках и, скорее всего, принадлежит одной или нескольким родственным семьям.