Фамилия Дюньдяева — женская форма фамилии Дюньдяев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Дюньдяй. Слово это редкое, и его происхождение вызывает споры, но наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «дюндеть» или «дюндить», который в некоторых говорах означал «ворчать», «ныть», «капризничать» или «говорить невнятно, бормотать». Таким образом, Дюньдяем могли прозвать человека ворчливого, постоянно недовольного или, наоборот, того, кто говорил тихо и неразборчиво.

Менее убедительна версия о связи с тюркскими корнями, например, со словом «дюн» (мир, спокойствие) или «дюнья» (мир, вселенная). В русской ономастике такие заимствования встречаются, но для фамилии Дюньдяева отсутствуют надёжные доказательства тюркского влияния — нет характерных суффиксов или географической привязки к регионам с тюркским населением. Поэтому «ворчливый» вариант выглядит правдоподобнее.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Дюньдяй добавили суффикс -ев (вместо -ов, что возможно при мягкой основе или в южнорусских говорах). Первоначально это было отчество: «чей сын?» — Дюньдяев, то есть сын Дюньдяя. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье, особенно в Самарской и Ульяновской областях, что косвенно подтверждает её русское, диалектное происхождение — именно в этих краях фиксируются говоры со словом «дюндеть».

В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — это типичная «низовая» фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде не позднее XVII–XVIII веков. Сегодня фамилия остаётся редкой, что делает её особенно ценной для семейной истории: каждый носитель — хранитель почти забытого диалектного слова.