Фамилия Дюсюпаева звучит непривычно для русского уха, и это сразу указывает на её восточное происхождение. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского корня, которая прошла через русское делопроизводство и получила типичный русский суффикс -ев.

Основа фамилии — Дюсюп. Это фонетический вариант арабского имени Юсуп (Йусуф), которое в европейской традиции известно как Иосиф. В тюркских языках, особенно в казахском, башкирском и татарском, начальное «Й» часто переходит в «Дж» или «Д»: Йусуф — Джусуп — Дюсюп. Таким образом, имя Дюсюп — это «Иосиф» на местный лад. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Дюсюпаев буквально означает «сын Дюсюпа» или «из рода Дюсюпа».

Вероятнее всего, фамилия сформировалась в среде казахов или башкир в XIX — начале XX века, когда при Российской империи шла массовая фиксация фамилий для местного населения. Фамилии часто записывали по отчеству: имя отца плюс русский суффикс. Поэтому Дюсюпаевы — это потомки человека по имени Дюсюп. Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану, Казахстану и прилегающим регионам.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем от тюркского корня «дюсю» (слеза, капать) или «дюс» (прямой, ровный). Однако в таком случае форма была бы иной (например, Дюсюков или Дюсев), тогда как прямое отчество от имени Дюсюп — самый естественный и распространённый путь для фамилий этого ареала.

Что касается сословной принадлежности, то предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами, скотоводами или воинами (в составе казачьих или башкирских полков). Никакой особой знатности или придворной службы за этой фамилией не числится — она из народной среды, где имя Иосиф обрело местное звучание и закрепилось как родовое имя.