Фамилия Джаджанидзе в основе своей имеет грузинскую модель образования на -дзе, что означает «сын». Такие фамилии особенно распространены в Западной Грузии (Гурия, Имеретия, Аджария). Однако корень у этой фамилии не грузинский, а, скорее всего, армянский или тюркский, что указывает на сложную этническую историю региона.

Вероятнее всего, фамилия Джаджанидзе восходит к прозвищу Джаджани, которое, в свою очередь, произошло от топонима. В провинции Алашкерд (историческая область на востоке современной Турции, граничившая с Российской империей) существовало пять деревень к востоку от Каракилисе. Одна из них называлась Джаджан (другие — Кедр, Мангосар, Зиро и Кубкеран). Таким образом, основатель рода Джаджанидзе был выходцем из деревни Джаджан. Переселившись в грузинскую среду, он или его потомки получили фамилию по месту прежнего жительства с типичным грузинским окончанием.

Менее вероятна, но не исключена версия от тюркского слова «джаджан», которое могло быть личным именем или прозвищем. В любом случае, фамилия редкая и географически привязана к зоне грузино-армянского пограничья, где происходил интенсивный обмен населением.