Фамилия Джакубаева — женская форма казахской фамилии Джакубаев. Её основа — личное мужское имя Джакуб (Якуб), которое восходит к библейскому Иакову (араб. Якуб, в тюркской огласовке — Жакып или Джакуб). Это имя широко распространено у народов, исповедующих ислам, особенно у казахов, киргизов, узбеков и каракалпаков. В казахской ономастике имя Жакып (Джакуб) давали в честь пророка Якуба, отца пророка Юсуфа (библейского Иосифа).

Фамилия образована по типичной для тюркских языков модели: к основе имени Джакуб прибавили аффикс принадлежности -ев/-ова, который в русской традиции закрепился как фамильный суффикс. В казахском языке патронимическая форма выглядела бы как Жакыпұлы (сын Жакыпа) или Жакыпқызы (дочь Жакыпа), но при оформлении документов в Российской империи и СССР использовали русскую грамматику. Поэтому Джакубаев — это адаптированный патроним, буквально «сын Джакуба», а Джакубаева, соответственно, «дочь Джакуба» или жена Джакуба.

Географически фамилия сосредоточена в Казахстане, особенно в южных и западных областях (Кызылординская, Туркестанская, Мангистауская), а также среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области) и Узбекистане. Встречаются варианты написания: Жакубаева, Джакубова, Якубаева — это зависит от диалектного произношения и правил транслитерации.

Сословно носители фамилии в большинстве — потомки кочевников-скотоводов или земледельцев. В XIX — начале XX века имя Джакуб не было редким, поэтому фамилия не указывает на принадлежность к знатному роду (торе) или духовенству (ходжа). Это массовая фамилия, распространённая среди разных родовых групп (жузов), без узкой клановой привязки.

Однокоренные фамилии в регионе — Якубов (распространён у татар и узбеков), Жакыпов (современная казахская форма), Джакупов. Разница в написании отражает разное время фиксации и языковую политику: «Жакыпов» ближе к казахской орфографии, «Джакубаев» — к старой кириллической записи, принятой в советских паспортах 1930–1940-х годов.