Фамилия Джандегер — одна из тех, что не укладывается в привычные славянские модели словообразования. В ней нет суффиксов -ов, -ин или -ский, а значит, её корни лежат за пределами русского ономастикона. Скорее всего, это фамилия тюркского или иранского происхождения, распространённая среди народов Северного Кавказа, Закавказья или Средней Азии.

Основа фамилии распадается на две части: «джан» и «дегер». «Джан» (или «джан») в тюркских и персидских языках означает «душа», «жизнь», «дорогой» — это ласковое обращение, часто входящее в состав имён и прозвищ (например, Гюльджан, Азаджан). Вторая часть, «дегер», может восходить к тюркскому «дегер» (или «тегир») — «мельница», либо к персидскому «дигар» — «другой», «иной». Соответственно, возможны два толкования: «дорогая мельница» (если речь о родовом занятии или месте) или «другая душа» (если это прозвище, данное человеку с необычным характером).

Версия с «мельницей» выглядит более предметной. В тюркской среде фамилии, образованные от названий ремёсел или хозяйственных построек, не редкость. Предок-мельник мог получить прозвище Джандегер (Джан-тегир), которое затем закрепилось за потомками. Это объяснение особенно правдоподобно, если учесть, что в азербайджанском и кумыкском языках слово «дегермен» означает именно мельницу, а «джан» могло быть ласкательной приставкой или частью личного имени.

Географически фамилия встречается среди лезгин, азербайджанцев и народов Дагестана. В России носители Джандегер живут преимущественно в южных республиках и в крупных городах, куда переезжали в XX веке. Варианты написания — Джандегир, Джандегеров (с русифицированным окончанием) — встречаются реже, но тоже возможны, если носители адаптировали фамилию к русской грамматике.

Социальный контекст здесь прозрачен: фамилия не дворянская и не купеческая, а скорее крестьянская или ремесленная. Она не попала в дореволюционные родословные книги, и её письменная фиксация началась, скорее всего, с советских паспортных столов. Это не делает её менее интересной: она напрямую ведёт к быту и языку тех мест, где люди веками называли друг друга ласково и по делу.