Фамилия Джавгустинова — редкий случай, когда исходное имя или прозвище почти наверняка восходит к арабскому или тюркскому миру, но при этом обросло русским суффиксом. Основа «Джавгустин» (или «Джавгуст») не имеет однозначного толкования в славянских языках. Скорее всего, это искажённое или адаптированное на слух личное имя, возможно, образованное от арабского «Джавхар» (драгоценность) или тюркского «Джав» (слава, величие) в сочетании с «густ» (друг, товарищ) — то есть «драгоценный друг» или «славный товарищ». Встречаются также варианты сближения с именем Джавгар (цветок) или даже с осетинскими корнями, где «джав» означает «овёс». Правдоподобнее всего версия о составном имени-пожелании, характерном для народов Кавказа и Средней Азии.

Суффикс «-ов» в окончании указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, скорее всего, в XIX–XX веках, когда нерусское население получало паспорта и фамилии по отцу или деду. Форма «Джавгустинова» — женский вариант, мужской, соответственно, Джавгустинов. Такая модель типична для фамилий, которые возникли в регионах с сильным русским административным влиянием — на Северном Кавказе, в Закавказье или среди кавказских народов, переселившихся в центральную Россию.

Географически фамилия крайне редкая. В открытых базах данных и телефонных справочниках она встречается единично, преимущественно в южных регионах России — в Краснодарском крае, Ставрополье, а также в Москве. Это подтверждает версию о кавказском или закавказском происхождении. Возможно, предки носителя фамилии были связаны с торговлей или ремеслом, но точных сведений нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — например, Джавгаров, Джавришвили, Джавганов — показывает, что корень «джав» в разных вариациях встречается у осетин, грузин и народов Дагестана. Однако суффикс «-устин» нехарактерен для этих языков, что делает Джавгустинова уникальным гибридом: тюркская или арабская основа, возможно, греческое или грузинское влияние в середине слова и русская паспортная приставка в конце. Такая фамилия — живая иллюстрация того, как в XIX веке чиновники на слух записывали иноязычные имена, придавая им привычную для себя форму.