Фамилия Джайноков — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Носители фамилии сосредоточены почти исключительно в Кабардино-Балкарии и соседних регионах Северного Кавказа. Это указывает на адыгское (кабардино-черкесское) или, реже, балкарское происхождение. Сама фамилия образована по русской патронимической модели с суффиксом -ов, который в XIX–XX веках массово добавляли к горским фамилиям при записи в метрические книги и советские документы. Исконная форма без суффикса, скорее всего, звучала как Джайнок или Джайноко.

Корень «Джайн-» (или «Жан-») в адыгских языках часто восходит к личному имени или прозвищу, связанному с тюркским словом «джан» — душа, жизнь. В кабардинском это могло быть ласкательное обращение или часть составного имени (например, Жанхот). Вторая часть — «-ок» — характерный адыгский суффиксальный элемент, образующий фамилии от личных имен и прозвищ (сравните: Шогенов — от Шоген, Кушхов — от Кушх). Таким образом, Джайноков буквально означает «потомок Джайнока», где Джайнок — человек, которого в роду называли «душенька», «милый» или же носивший имя с этим корнем.

Менее вероятна, но возможна версия, что в основе лежит тюркское слово «джайн» (в значении «род», «племя»). Но для кавказского региона, где фамилия бытует, это звучит натянуто: адыгская модель с суффиксом -ок типичнее, чем тюркская основа без него. Если же предполагать балкарское происхождение (тюркская языковая группа), то суффикс -ов там тоже пришлый, а корень мог бы быть связан с «джаны» (новый) — прозвище «Новичок» в роду.

Сословно предки Джайноковых, скорее всего, относились к свободным крестьянам-общинникам (тфокотлям у адыгов) или узденям (мелким дворянам). Фамилия не встречается в списках высшей кабардинской знати (пши и уорки), что косвенно подтверждает её «народное» происхождение от личного прозвища, а не от родового титула. В советское время написание закрепилось через паспортный стол, поэтому в разных ветвях рода могла быть вариация Джайноков/Джайноков — с ударением, которое сейчас чаще падает на второй слог.