Фамилия Джекабаев — одна из тех, что сразу выдают тюркское происхождение. Её основа — имя Джекабай, которое состоит из двух частей: «Джек» (или «Джак») и «бай». Первая часть восходит к тюркскому слову «джак» — «сторона», «бок», а в переносном смысле — «опора», «защитник». Вторая часть — «бай» — в прошлом означало «господин», «богатый», «хозяин», а в именах часто служило пожеланием благополучия и высокого положения. Таким образом, имя Джекабай могло означать «богатый защитник» или «господин, на которого можно опереться».

Фамилию образовали по русской модели: к основе Джекабай добавили патронимический суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?»). В русской традиции так оформляли фамилии от имён и прозвищ, оканчивающихся на -й: Джекабай → Джекабаев. Буква «а» перед суффиксом — часть основы, её не отбрасывали, как это иногда бывает в других фамилиях (сравните: Алдабергенов, где основа тоже сохраняется полностью).

Географически фамилия тяготеет к регионам, где говорят на тюркских языках: Казахстан, Киргизия, Каракалпакстан, а также соседние области России (Оренбуржье, Астраханская область). Встречается и у башкир, и у татар, но реже. Скорее всего, предки носителя фамилии были кочевниками или полукочевниками, а имя Джекабай давали ребёнку с надеждой, что он станет надёжной опорой для рода.

Любопытная деталь: фамилия не получила широкого распространения в письменных источниках XIX века, что говорит о её относительно позднем закреплении — вероятно, уже в советское время, когда оформление паспортов унифицировало написание. Встречаются варианты Джакабаев (с буквой «а» в первом слоге) — это диалектное или орфографическое колебание, не меняющее смысла.