Фамилия Джотян — один из тех случаев, когда географическая привязка важнее, чем разбор корня. Это армянская фамилия, и её структура типична для юго-восточных диалектов армянского языка. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) означает «из рода такого-то» или «принадлежащий», это аналог русских -ов/-ев. Но основа «Джот» — вот где начинаются вопросы.

Самая прямая версия: основа восходит к армянскому слову «джот» (ձող) — «шест», «жердь», «стержень». В таком случае прозвище Джот мог получить человек высокий и худой, как жердь, либо тот, кто изготавливал шесты, работал с ними (например, погонщик скота с посохом или строитель). Это бытовое прозвище, типичное для армянских фамилий, образованных от внешности или ремесла.

Есть и вторая, менее очевидная версия: «Джот» может быть вариантом имени Джот (Джодж) — уменьшительной формы от Геворг (Георгий) в некоторых диалектах. В таком случае Джотян — это «потомок маленького Георгия». Эта гипотеза слабее, потому что для армянских фамилий от имён чаще используют полные формы (Геворгян, Ованесян), а не такие короткие варианты, но полностью исключать её нельзя.

Географически фамилия Джотян встречается в основном среди армян, исторически связанных с Западной Арменией (современная восточная Турция) и армянской диаспорой Сирии, Ливана. В России она редкая, но носители есть в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве — туда армяне переселялись в XIX–XX веках.

Если опираться на частотность словообразовательных моделей, версия с прозвищем от «шеста» выглядит правдоподобнее: армянские фамилии от названий предметов не редкость (сравните Аракелян — от «аракел» (апостол), но это имя, а вот Гармашян — от «гармаш» (кузнец)). Джотян — фамилия, которая не говорит о знатном происхождении, а скорее указывает на конкретную черту предка: либо рост, либо занятие.