Фамилия Ебенат — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение вызывает споры даже у специалистов. Прежде всего, бросается в глаза необычный финал: суффикс -ат нехарактерен для исконно русских фамилий, где преобладают -ов, -ин или -ский. Этот суффикс чаще встречается в западнославянских (польских, чешских) или южнославянских фамилиях, а также в русифицированных вариантах немецких фамилий на -ат (например, Бурнат). Поэтому первая и самая правдоподобная версия: фамилия Ебенат — не русская по корню, а пришлая, адаптированная на славянской почве.

Корень «ебен-» сразу наводит на мысль о непристойном русском глаголе, но в серьёзной ономастике это тупиковый путь: фамилии от обсценной лексики в крестьянской среде не фиксировались, а в дворянской — тем более. Скорее всего, мы имеем дело с искажённым заимствованием. Например, от немецкого «Eben» (ровный, гладкий) или от фамилии Ebenhardt (Эбенгардт), где конечное -t могло отпасть, а затем добавилось славянское -ат по аналогии с другими фамилиями. При переезде носителя в Российскую империю писарь мог записать фамилию на слух, превратив «Эбен» в «Ебен» и добавив типичный для местных прозвищ суффикс.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным словом «ебеня» (так в некоторых говорах называли неуклюжего, неповоротливого человека). В этом случае фамилия образовалась бы по модели «прозвище + -ат», то есть «Ебенат» могло означать «сын Ебени» или «человек, похожий на Ебеню». Однако такая модель (прозвище на -я + -ат) встречается крайне редко и больше характерна для украинских фамилий (например, Гончаренко, но там -енко, а не -ат).

Географически фамилия Ебенат почти не встречается в современных базах данных. Единичные случаи зафиксированы на юге России и в Беларуси — как раз в зоне контакта с польским и немецким влиянием. Это косвенно подтверждает версию о западном или немецком корне. Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписи или при переезде из западных губерний. Какой-либо исторической династии с такой фамилией не известно, и в дворянских родословных книгах она не упоминается.

Таким образом, фамилия Ебенат — скорее всего, русифицированная версия немецкой фамилии Эбен (Eben) или её производных, записанная с характерным славянским суффиксом. Альтернативное объяснение через диалектное прозвище менее состоятельно из-за редкости словообразовательной модели.