Фамилия Эбильхусейнов — редкий случай в русском ономастиконе, где исходное имя-основа сохранилось почти без изменений, лишь нарастив типичный русский суффикс принадлежности -ов. В отличие от большинства фамилий на -ов, которые «переварили» тюркскую или арабскую основу до неузнаваемости (например, Бекмурзов или Ахметов), здесь мы видим прозрачную конструкцию: полное мусульманское имя Эбильхусейн плюс окончание, указывающее на прямого потомка («чей?» — Эбильхусейнов).

Имя Эбильхусейн — это вариант арабского Абу-ль-Хусейн (أبو الحسين), где «Абу» означает «отец», а «Хусейн» — имя внука пророка Мухаммеда. Полная форма переводится как «отец Хусейна». В тюркских языках, особенно у кумыков, азербайджанцев и народов Дагестана, начальный слог «Абу» часто редуцировался до «Эби» или «Оби», что и дало форму Эбильхусейн. Такая замена — не ошибка, а закономерный фонетический процесс: в устной речи долгий гласный первого слога ослаблялся.

По модели образования фамилия относится к «патронимическим» (от имени отца), но не через отчество, а напрямую, минуя промежуточное звено. Это характерно для народов Северного Кавказа и Закавказья, где в XIX — начале XX века, при введении русских метрических книг, фамилии часто записывали не по деду, а по отцу, беря за основу его полное имя. Носитель Эбильхусейнов — это, скорее всего, потомок человека, которого звали Эбильхусейн, причём имя это было личным, а не родовым прозвищем.

Географически фамилия тяготеет к Дагестану, в первую очередь к лезгинским и аварским районам, а также встречается у азербайджанцев. В русской среде она практически не встречается, что подтверждает её недавнее (по историческим меркам) происхождение: фамилии такого типа фиксировались в основном в конце XIX — начале XX века, когда на Кавказе закреплялась имперская бюрократия. Вариантов написания немного: иногда встречается Эбильхусейнов с двумя «н» в суффиксе, но это скорее ошибка канцеляриста, чем сознательная форма.

С точки зрения социального статуса предки Эбильхусейновых могли быть как сельскими жителями (крестьяне-общинники), так и представителями духовенства — ведь имя Абульхусейн популярно среди мусульман, в том числе у алимов (учёных). Однако без конкретных архивных записей утверждать что-то определённое о сословии рискованно: фамилия не несёт в себе сословного маркера, в отличие от дворянских окончаний на -ский.